Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) podalo několik připomínek: jako zásadní připomínky uvedlo absenci evaluace předchozích čtyř období, včetně analýz dopadu, a zda dotace jsou efektivní. MMR doporučuje zdůvodnění dotací nestrannou evaluaci předchozích období a projednat ji s odbornou veřejností transparentním způsobem. Dále MMR navrhuje případné krácení dotace při převisu u všech opatření. Současný stav je netransparentní a to vzhledem k tomu, že jediný oprávněný žadatel, ČSV, z. s., je jediným příjemcem podpory obnova včelstev, ale současně vlastní majetkový podíl ve společnosti vyrábějící léčiva a provádějící rozbory medu. Dále MMR navrhuje vypustit přípravek BEE SAFE ze seznamu prostředků na prevenci nebo léčby varroózy; dotaci na matky omezit pouze na inseminované matky a dále, aby příjemcem dotace byl nikoliv producent matek, ale chovatel, který matku koupí.
ČSV, z. s., navrhoval v připomínkovém řízení u vzdělávací činnosti nahradit slova „praktických kurzů“ slovy „jednoho praktického kurzu za den“. To samé navrhuje u seminářů a přednášek. Návrh je to trochu zmatečný, protože jediným žadatelem pro všechny chovatele včel v ČR je ČSV, z. s., a to by znamenalo, že v jeden den na území ČR může být pouze dotovaná jedna přednáška, jeden kurz a jeden seminář.
PSNV-CZ, z. s., pouze ústně připomínkovala nezahrnuté připomínky z předešlých jednání, které následně nebyly přesvědčivým způsobem vypořádány. Část těchto připomínek se k našemu překvapení objevila v připomínkách MMR. PSNV také zmínila časovou posloupnost předchozích jednání, které se věnovaly paragrafům Nařízení vlády, nikoliv však včelařskému programu. Ke konečnému připomínkovému řízení nebyla obeslána. Konečnou verzi novely, která odešla na Vládu ČR, neznáme. Co však můžeme říci už nyní, je to, že novela nebude reflektovat změny, kterými nyní včelařství v ČR prochází. Napjatě očekáváme reakci legislativní rady vlády a schválenou novelu Nařízení vlády, která by měla platit od září 2016.